Pasó sus primeros años en Bohemia (donde su padre era cocinero en el servicio real, probablemente en Praga). En 1610 sucedió a Salomon Waldhofer como organista de la catedral de San Stephan en Passau y permaneció allí hasta su muerte. Perteneció a un grupo de músicos católicos (incluyendo Aichinger, Pfendner, Rudolph Lassus y Sätzl) en el sur de Alemania y Austria, que a principios del siglo XVII tomaron la forma del motete concertante para pocas voces de Lodovico Grossi da Viadana y lo desarrollaron al estilo alemán. Los textos están elegidos de acuerdo a los días festivos del año litúrgico. La mayoría de las 97 obras en sus dos colecciones de motetes, escritas para la catedral de Passau, son de este tipo (sólo se incluyen unos pocos motetes para cuatro o más voces en el segundo libro). Loth prefiere la combinación de dos o tres voces iguales y escribió sólo unas pocas piezas para voz solista, adoptando el estilo monódico italiano.

El interés no radica tanto en el contenido melódico como en el juego de imitación entre las voces; los motivos utilizados se basan a menudo en las notas de la tríada o en pasajes de escala, ofreciendo oportunidades para ‘strettos’ cerrados al unísono, que Loth explotó al máximo. Predomina el tratamiento silábico del texto, compensando el interés rítmico con una cierta falta de unidad melódica: Loth adoptó sólo en raras ocasiones el rondó o la forma popular de refrán de otros compositores de este tipo de música. La importancia de estos motetes radica en parte en el tratamiento del bajo continuo, que a menudo es totalmente independiente de las partes vocales, preservando una relación rítmica con ellas, y en parte en la creciente conciencia de una clave central, incluyendo extensas progresiones dominante-tónica en el bajo. El gran número de estos motetes que aparecieron en las principales antologías de la época da testimonio tanto de su reputación contemporánea como de la amplia difusión que tuvieron. Sus obras se encuentran todavía en dos volúmenes: “Musa melica” (1616), con 52 títulos, especialmente para dos o tres voces y bajo continuo, del año litúrgico, y “Musica melica continuata” (1619), con 45 obras, de las cuales 9 piezas de cuatro, 2 de cinco, 2  de seis y ocho de 4 voces con bajo continuo, completamente conservadas.

La única fuente biográfica en que hay alguna información sobre la vida de Loth es la inscripción de su lápida, que ahora se encuentra en la torre norte de la catedral de Passauer. Ya era  en 1610, durante el período de servicio de Salomon Walthofer, organista de la Catedral de Passau, tal vez al principio como organista auxiliar. Con la muerte de Walthofer el 5 de junio de 1613, el cargo de organista de la catedral quedó libre para Urban Loth. La transferencia oficial le dio probablemente la posibilidad de casarse en el verano de 1613 con Catharina Paltmann. La boda tuvo lugar probablemente fuera de Nassau y el nacimiento del primer hijo tuvo lugar en junio de 1614; en total la pareja tuvo 5 hijas y 4 hijos. Catharina murió el 15 de septiembre de 1649.